Pour quelle raison je ne peux pas comptabiliser le paiement d'une note de crédit compensée par une facture ?

Vous avez effectué la compensation d'une facture par une note de crédit et vous essayez de comptabiliser le paiement. 

Effectivement, le logiciel comptabilise la facture et la note de crédit. Les deux documents liés s'annulent au niveau comptable. Il n'est donc pas correct d'ajouter des écritures supplémentaires et donc de comptabiliser le paiement (compensation).